メインコンテンツも非定型コンテンツも、クローラーのためのサイトマップを用意していますから、Googleから「有用性のある記事」とみなされれば、インデックスされるはずです。非定型コンテンツがインデックスされないのは、「有用性が低い」とみなされているか、ページの構造に問題があるからだと、思われます。
現状、私が確認した限り、非定型コンテンツにはユーザーからのアクセスはありません。また、非定型コンテンツに、今後積極的にコンテンツを追加していく計画もありません。そのため、非定型コンテンツをサイトから消去することも考えました。しかし、当分の間、残しておくことにしました。
それに、誰からも読まれず、自分にとってさえ無用だと思っていた記事が、数年後に何らかの役に立つということも、もしかしたらあるかもしれません。
当分先になると思いますが、非定型コンテンツの記事たちの内容を抽出して形を整えて、再アップロードしようと思っています。